Az Alkalmazott Informatikai és Alkalmazott Matematikai Doktori Iskola már a nevében jelzi, hogy portfóliója két közeli, ám mégis elkülöníthető tudományágat ölel át. Ezek mentén a Doktori Iskolában programok lettek létrehozva, melyek célja, hogy a hallgatók munkáját nyomon követve kiemelkedő szakemberek biztosítsák szaktudásukkal a doktoranduszok előremenetelét. A programok további alprogramokat tartalmaznak, melyek még specifikusabb tudományos terület jelölnek ki, ezzel is segítendő a hallgatók szakmai támogatását.
Az AIAMDI-ban a fentiek érelmében két program létezik: az Alkalmazott Informatika Program és az Alkalmazott Matematika Program. A programvezetők a doktori iskolához benyújtott kutatási témákat véleményezik, ezt köüvetően a téma elfogadásáról a doktori iskola vezetője dönt. Emellett a programvezetők és alprogramvezetők a hallgatók előrehaladását követik nyomon, a féléves beszámolókon részt vesznek a bizottság tagjaként. Amennyiben úgy ítélik meg, hogy valamely hallgató előrehaladása nem időarányos, a hallgatóval és/vagy témavezetőjével előrehaladási megbeszélést kezdeményeznek, melynek célja a problémák felderítése és megértése, valamint a lehetőségek felvázolása annak érdekében, hogy a doktori tanulmány megfelelő ütemben haladhasson.
Az Alkalmazott Informatika Program programvezetője Prof. Dr. Rudas Imre, a program négy alprogramból áll:
I.1. Informatikai alapok és alkalmazások (vezető: Prof. Dr. Várkonyiné Kóczy Annamária)
I.2. Kiberorvosi rendszerek (vezető: Prof. Dr. Kovács Levente)
I.3. Kiberfizikai rendszerek (vezető: Prof. Dr. Tar József)
I.4. Mérnöki számítások és modellek (vezető: Prof. Dr. Rudas Imre).
Az Alkalmazott Matematika Program programvezetője Prof. Dr. Galántai Aurél, a program két alprogramból áll:
M.1. Matematikai alapok és alkalmazások (vezető: Prof. Dr. Galántai Aurél)
M.2. Mérnöki számítások és modellek (vezető: Prof. Dr. Rudas Imre)
